Салық органдары "Салық және бюджетке төленетін басқа да міндетті төлемдер туралы" Қазақстан Республикасы Кодексінің 175 - бабының тәртібімен уәкілетті мемлекеттік органдардың, жергілікті атқарушы органдардың және "Азаматтарға арналған үкімет"мемлекеттік корпорациясының (бұдан әрі-уәкілетті органдар) қызметіне бақылауды жүзеге асырады.

Уәкілетті мемлекеттік органдардың қызметін бақылау төлемдерді есептеудің дұрыстығы, өндіріп алудың толықтығы және бюджетке уақтылы аудару, сондай-ақ мәліметтерді салық органдарына берудің дұрыстығы мен уақтылығы мәселелері бойынша жүзеге асырылады.

Уәкілетті мемлекеттік органдардың қызметіне бақылауды жүзеге асыру үшін салық органдарының бақылауды тағайындау туралы шешімі негіз болып табылады.

Шешім бақылауды жүзеге асыру басталғанға дейін өз құзыреті шегінде құқықтық статистика және арнайы есепке алу саласындағы статистикалық қызметті жүзеге асыратын мемлекеттік органда мемлекеттік тіркелуге жатады.

Уәкілетті мемлекеттік органдарды бақылау бір мезгілде салықтардың бір түрі бойынша да, сондай-ақ бюджетке төленетін төлемдердің бірнеше түрі бойынша да жүргізілуі мүмкін.

Уәкілетті мемлекеттік органның шешімнің данасын (көшірмесін) алған күні немесе уәкілетті мемлекеттік органның шешімнің данасына қол қоюдан бас тарту туралы актіні жасаған күні бақылау жүргізудің басталуы болып есептеледі.

Уәкілетті мемлекеттік органның шешім алудан бас тартуы салықтық бақылаудың күшін жою үшін негіз болып табылмайды.

Бақылауды жүргізу мерзімі уәкілетті мемлекеттік органға бақылауды тағайындау туралы шешім тапсырылған күннен бастап отыз жұмыс күнінен аспауға тиіс. Көрсетілген мерзімді бақылауды тағайындаған салық органы елу жұмыс күніне дейін ұзарта алады.

Уәкілетті мемлекеттік органдардың қызметіне бақылау жылына бір реттен жиі емес жүзеге асырылады.

Бақылау аяқталғаннан кейін салық органының лауазымды адамы бақылау актісін жасайды.

Бақылау нәтижелері бойынша анықталған бұзушылықтар болған кезде салық органдары Қазақстан Республикасының салық заңнамасын бұзушылықтарды жою туралы талап қояды.

Талап бақылау актісі тапсырылған күннен бастап бес жұмыс күнінен кешіктірілмей тексерілетін уәкілетті мемлекеттік органның бірінші басшысына (бірінші басшыны алмастыратын адамға) қол қойғызып не жөнелту және алу фактісін растайтын өзге де тәсілмен жіберілуге тиіс.

Талапты уәкілетті мемлекеттік орган оны тапсырған (алған) күннен бастап отыз жұмыс күні ішінде орындауға тиіс.

 Бақылау нәтижелері бойынша анықталған салық берешегінің сомаларын өндіріп алуды есептеудің дұрыстығына, өндіріп алудың толықтығына және салықтар мен төлемдердің бюджетке уақтылы аударылуына жауапты уәкілетті мемлекеттік органдар жүзеге асырады.        

Уәкілетті мемлекеттік органдар салықтар мен төлемдерді есептеудің дұрыстығына, өндіріп алудың толықтығына және бюджетке аударудың уақтылығына, сондай-ақ Қазақстан Республикасының заңдарына сәйкес мәліметтерді салық органдарына берудің дұрыстығы мен уақтылығына жауапты болады.